天才忍者（里を治める頭領の跡継ぎ息子）という正体を隠し、御咲学園に転入した主人公。 たくさんの女の子たちに囲まれ、夢の学園生活をスタートさせる。

なぜか忍者捜索部を立ち上げ、忍者を捜索することに！ 恋と部活に忙しい日々を送っていると、 除々にわかってくる部員たちの秘密。

気になるあの子の正体は・・・？ そして、御咲学園にも大きな謎が隠されていた。

忍者とは？

隠密集団「忍者」。破壊工作、情報操作、そして暗殺… 決して表舞台に立つことはない彼らは、日本の歴史を粛々と影で形作ってきた。 現代の日本、忍者を見たことがある者もその存在を信じている者もいない。 そう、本人たちを除いて…